PubMed検索が捗る！GPCR関連MeSH用語の整理

MeSHとは

Medical Subject Headings (MeSH) はMEDLINE/PubMedの医学生物学情報を整理分類し検索するためアメリカ国立医学図書館により作成された階層的なシソーラス（用語集）です。MeSHは系統樹の構造をしていて 「タンパク質」のような大きな概念から「膜タンパク質」、更に「細胞膜受容体」「カドヘリン」等へと枝分かれしながら細分化していきます。思いつくキーワードを闇雲に試すのでなく関心テーマの本質を適切なMeSH用語で表現することにより、効率的な文献検索が可能になります。具体的なMeSH活用法は他所に譲るとして、PubMed検索窓に carcinoma, small cell[MeSH Terms] のようにタグ付きで入力するのが基本的な使い方です。

MeSHの落とし穴

MeSH用語の中には複数の枝に登場するものがあります。例えば神経ペプチド受容体は神経伝達物質受容体とペプチド受容体の下位語として登録されています。神経ペプチドが神経伝達物質とペプチドという２つの概念を掛け合わせたものなので妥当な取り扱いと言えます。しかし、分類が破綻する例もあります。プリン作動性のP2Y受容体はGタンパク質共役型受容体 (GPCR) の1群です。同時に、P2X受容体と呼ばれるプリン作動性のイオンチャンネルも存在します。これらは共通する性質からプリン作動性受容体という上位語にまとめられています。それはいいとして、プリン作動性受容体の上位語は、なんとGPCRなのです。GPCRでMeSH検索した結果には必然的にイオンチャンネルが混入しているのです。MeSHにはこうした落とし穴も存在します。

MeSH系統樹の複雑さも使いにくさの元になっています。GPCR関連用語の場合、最上位のGPCRから個別のタンパク質までの最大5つの階層があります。更に、階層の深さが概念の細かさを反映していません。PAR-2受容体とβ1アドレナリン受容体はどちらも個別のタンパク質でありながら、前者はGPCRの直下に、後者は5階層下に存在します。また、樹上構造末端の用語（下位語を持たない語）がGPCRのグループだったり受容体のサブタイプだったりして統一感がありません。この複雑さと一貫性のなさは、GPCR—受容体ファミリー—個別受容体という3層構造からなる、お馴染みで単純明快なGuide to Pharmacologyの分類と大きく異なります。

解決

そこで、GPCR関連のMeSH用語系統樹を把握し効率的に文献検索を行えるよう、MeSHシソーラスにGuide to Pharmacologyの分類を併記した表を作成しました（下）。インデントは分類の階層を示します。同一あるいは最も近い概念の用語が同じ行の左右に並ぶよう配置してあります。Guide to Pharmacologyの一貫性ある分類と照らし合わせることでより的確なMeSH用語を選択することができます。先述の通りMeSH分類にはGPCRでない要素が混入していますし、MeSHとG2Pで分類が異なる分子もあります。こうしたMeSHの特徴を理解することで、より効率的な検索が可能になるでしょう。

表. GPCR関連MeSH系統樹とGuide to Pharmacology分類の対比

MeSH Tree					Guide to Pharmacology. Family & Receptor Names			Comment
Receptors, G-Protein-Coupled					G protein-coupled receptors
	Apelin Receptors					Apelin receptor
						Calcitonin receptors
	Calcitonin Receptor-Like Protein						calcitonin receptor-like receptor
	Frizzled Receptors					Class Frizzled GPCRs
		Smoothened Receptor					SMO
	Glucagon-Like Peptide Receptors					Glucagon receptor family
		Glucagon-Like Peptide-1 Receptor					GLP-1 receptor
		Glucagon-Like Peptide-2 Receptor					GLP-2 receptor
	Orexin Receptors					Orexin receptors
						Complement peptide receptors
	Receptor, Anaphylatoxin C5a						C5a1 receptor; C5a2 receptor
						Proteinase-activated receptors
	Receptor, PAR-2						PAR2
						Calcitonin receptors
	Receptors, Adrenomedullin						AM1 receptor; AM2 receptor
	Receptors, Angiotensin					Angiotensin receptors
		Receptor, Angiotensin, Type 1					AT1 receptor
		Receptor, Angiotensin, Type 2					AT2 receptor
						Class A Orphans
		Proto-Oncogene Mas					MAS1
	Receptors, Bombesin					Bombesin receptors
	Receptors, Bradykinin					Bradykinin receptors
		Receptor, Bradykinin B1					B1 receptor
		Receptor, Bradykinin B2					B2 receptor
						Calcitonin receptors
	Receptors, Calcitonin						CT receptor
	Receptors, Calcitonin Gene-Related Peptide						CGRP receptor
	Receptors, Calcium-Sensing					Calcium-sensing receptor
							CaS receptor
	Receptors, Cannabinoid					Cannabinoid receptors
		Receptor, Cannabinoid, CB1					CB1 receptor
		Receptor, Cannabinoid, CB2					CB2 receptor
	Receptors, Catecholamine
		Receptors, Adrenergic				Adrenoceptors
			Receptors, Adrenergic, alpha
				Receptors, Adrenergic, alpha-1			α 1A-adrenoceptor; α 1B-adrenoceptor; α 1D-adrenoceptor
				Receptors, Adrenergic, alpha-2			α 2A-adrenoceptor; α 2B-adrenoceptor; α 2C-adrenoceptor
			Receptors, Adrenergic, beta
				Receptors, Adrenergic, beta-1			β 1-adrenoceptor
				Receptors, Adrenergic, beta-2			β 2-adrenoceptor
				Receptors, Adrenergic, beta-3			β 3-adrenoceptor
		Receptors, Dopamine				Dopamine receptors
			Receptors, Dopamine D1				D1 receptor
				Receptors, Dopamine D5			D5 receptor
			Receptors, Dopamine D2				D2 receptor
				Receptors, Dopamine D3			D3 receptor
				Receptors, Dopamine D4			D4 receptor
	Receptors, Chemokine					Chemokine receptors
		Receptors, CCR
			Receptors, CCR1				CCR1
			Receptors, CCR10				CCR10
			Receptors, CCR2				CCR2
			Receptors, CCR3				CCR3
			Receptors, CCR4				CCR4
			Receptors, CCR5				CCR5
			Receptors, CCR6				CCR6
			Receptors, CCR7				CCR7
			Receptors, CCR8				CCR8
		Receptors, CXCR
			CX3C Chemokine Receptor 1				CX3CR1
			Receptors, CXCR3				CXCR3
			Receptors, CXCR4				CXCR4
			Receptors, CXCR5				CXCR5
			Receptors, CXCR6				CXCR6
			Receptors, Interleukin-8
				Receptors, Interleukin-8A			CXCR1
				Receptors, Interleukin-8B			CXCR2
	Receptors, Cholecystokinin					Cholecystokinin receptors
		Receptor, Cholecystokinin A					CCK1 receptor
		Receptor, Cholecystokinin B					CCK2 receptor
	Receptors, Corticotropin-Releasing Hormone					Corticotropin-releasing factor receptors
	Receptors, Eicosanoid
		Receptors, Leukotriene				Leukotriene receptors
			Receptors, Leukotriene B4				BLT1 receptor
						Formylpeptide receptors
		Receptors, Lipoxin					FPR2/ALX
		Receptors, Prostaglandin
						Prostanoid receptors
			Receptors, Epoprostenol				IP receptor
			Receptors, Prostaglandin E
				Receptors, Prostaglandin E, EP1 Subtype			EP1 receptor
				Receptors, Prostaglandin E, EP2 Subtype			EP2 receptor
				Receptors, Prostaglandin E, EP3 Subtype			EP3 receptor
				Receptors, Prostaglandin E, EP4 Subtype			EP4 receptor
			Receptors, Thromboxane A2, Prostaglandin H2				TP receptor
		Receptors, Thromboxane
			Receptors, Thromboxane A2, Prostaglandin H2				TP receptor
	Receptors, Endothelin					Endothelin receptors
		Receptor, Endothelin A					ETA receptor
		Receptor, Endothelin B					ETB receptor
		Receptor, Endothelin B					ETB receptor
		Receptor, Endothelin B					ETB receptor
		Receptor, Endothelin B					ETB receptor
	Receptors, Formyl Peptide					Formylpeptide receptors
						Glycoprotein hormone receptors
	Receptors, FSH						FSH receptor
	Receptors, GABA-B					GABAB receptors
	Receptors, Galanin					Galanin receptors
		Receptor, Galanin, Type 1					GAL1 receptor
		Receptor, Galanin, Type 2					GAL2 receptor
		Receptor, Galanin, Type 3					GAL3 receptor
	Receptors, Ghrelin					Ghrelin receptor
	Receptors, Glucagon					Glucagon receptor family
						Histamine receptors
	Receptors, Histamine H1						H1 receptor
	Receptors, Histamine H2						H2 receptor
	Receptors, Histamine H4						H4 receptor
						Calcitonin receptors
	Receptors, Islet Amyloid Polypeptide						AMY1 receptor; AMY2 receptor; AMY3 receptor
	Receptors, Kisspeptin-1					Kisspeptin receptor
						Glycoprotein hormone receptors
	Receptors, LH						LH receptor
						Gonadotrophin-releasing hormone receptors
	Receptors, LHRH						GnRH1 receptor
	Receptors, Lysophospholipid
		Receptors, Lysophosphatidic Acid				Lysophospholipid (LPA) receptors
		Receptors, Lysosphingolipid
			Sphingosine-1-Phosphate Receptors			Lysophospholipid (S1P) receptors
			Sphingosine Phosphorylcholine Receptors			Lysophospholipid (S1P) receptors
	Receptors, Melanocortin					Melanocortin receptors
		Receptor, Melanocortin, Type 1					MC1 receptor
		Receptor, Melanocortin, Type 2					MC2 receptor
		Receptor, Melanocortin, Type 3					MC3 receptor
		Receptor, Melanocortin, Type 4					MC4 receptor
	Receptors, Melatonin					Melatonin receptors
		Receptor, Melatonin, MT1					MT1 receptor
		Receptor, Melatonin, MT2					MT2 receptor
	Receptors, Metabotropic Glutamate					Metabotropic glutamate receptors
		Receptor, Metabotropic Glutamate 5					mGlu5 recepto
	Receptors, Muscarinic					Acetylcholine receptors (muscarinic)
		Receptor, Muscarinic M1					M1 receptor
		Receptor, Muscarinic M2					M2 receptor
		Receptor, Muscarinic M3					M3 receptor
		Receptor, Muscarinic M4					M4 receptor
		Receptor, Muscarinic M5					M5 receptor
	Receptors, Neuropeptide Y					Neuropeptide Y receptors
	Receptors, Neurotensin					Neurotensin receptors
	Receptors, Odorant
	Receptors, Opioid					Opioid receptors
		Receptors, Opioid, delta					δ receptor
		Receptors, Opioid, kappa					κ receptor
		Receptors, Opioid, mu					μ receptor
					Other protein targets			not GPCRs
		Receptors, sigma				Sigma receptors		not GPCRs
					G protein-coupled receptors
						Vasopressin and oxytocin receptors
	Receptors, Oxytocin						OT receptor
						Parathyroid hormone receptors
	Receptors, Parathyroid Hormone
		Receptor, Parathyroid Hormone, Type 1					PTH1 receptor
		Receptor, Parathyroid Hormone, Type 2					PTH2 receptor
	Receptors, Pheromone					Trace amine receptor
		Receptors, Mating Factor						fungal
	Receptors, Pituitary Adenylate Cyclase-Activating Polypeptide
						VIP and PACAP receptors
		Receptors, Pituitary Adenylate Cyclase-Activating Polypeptide, Type I					PAC1 receptor
		Receptors, Vasoactive Intestinal Peptide
			Receptors, Vasoactive Intestinal Peptide, Type II				VPAC2 receptor
			Receptors, Vasoactive Intestinal Polypeptide, Type I				VPAC1 receptor
	Receptors, Purinergic
		Receptors, Cyclic AMP						bacterial
						Adenosine receptors
		Receptors, Purinergic P1
			Receptor, Adenosine A1				A1 receptor
			Receptor, Adenosine A3				A3 receptor
			Receptors, Adenosine A2
				Receptor, Adenosine A2A			A2A receptor
				Receptor, Adenosine A2B			A2B receptor
		Receptors, Purinergic P2
					Ligand-gated ion channels			not GPCRs
			Receptors, Purinergic P2X			P2X receptors		not GPCRs
				Receptors, Purinergic P2X1			P2X1	not a GPCR
				Receptors, Purinergic P2X2			P2X2	not a GPCR
				Receptors, Purinergic P2X3			P2X3	not a GPCR
				Receptors, Purinergic P2X4			P2X4	not a GPCR
				Receptors, Purinergic P2X5			P2X5	not a GPCR
				Receptors, Purinergic P2X7			P2X7	not a GPCR
					G protein-coupled receptors
			Receptors, Purinergic P2Y			P2Y receptors
				Receptors, Purinergic P2Y1			P2Y1 receptor
				Receptors, Purinergic P2Y12			P2Y12 receptor
				Receptors, Purinergic P2Y2			P2Y2 receptor
	Receptors, Serotonin					5-Hydroxytryptamine receptors
		Receptors, Serotonin, 5-HT1
			Receptor, Serotonin, 5-HT1A				5-HT1A receptor
			Receptor, Serotonin, 5-HT1B				5-HT1B receptor
			Receptor, Serotonin, 5-HT1D				5-HT1D receptor
		Receptors, Serotonin, 5-HT2
			Receptor, Serotonin, 5-HT2A				5-HT2A receptor
			Receptor, Serotonin, 5-HT2B				5-HT2B receptor
			Receptor, Serotonin, 5-HT2C				5-HT2C receptor
		Receptors, Serotonin, 5-HT4					5-HT4 receptor
	Receptors, Somatostatin					Somatostatin receptors
	Receptors, Tachykinin					Tachykinin receptors
		Receptors, Neurokinin-1					NK1 receptor
		Receptors, Neurokinin-2					NK2 receptor
		Receptors, Neurokinin-3					NK3 receptor
	Receptors, Thrombin					Proteinase-activated receptors
		Receptor, PAR-1					PAR1
						Vasopressin and oxytocin receptors
	Receptors, Vasopressin						V1A receptor; V1B receptor; V2 receptor
						Opsin receptors
	Rhodopsin						Rhodopsin
					Transporters > SLC superfamily of solute carriers >			not GPCRs
						SLC53 Phosphate carriers		not GPCRs
	Xenotropic and Polytropic Retrovirus Receptor						xenotropic and polytropic retrovirus receptor 1	not a GPCR

MeSH headings and Guide to Pharmacology taxonomy were retrieved in December 2021 from the National Library of Medicine and in November 2021 from G2P, respectively.

注）タブレットやスマートフォンでは正しく表示されないことがあります。